マスターエイのお告げから、母ソフィアが危険な状況にいると知らされたチェイスは、モンスーノサイトの力でソフィアの居場所を探そうと試みるがうま くいかない。ところが、瞑想中のチェイスに偶然触れたブレンがモンスーノサイトのビジョンを見てしまう。ブレンが見えたものは、かつて五部族によって栄え た古代都市「ハヌース」だった。それは、はるか昔に砂漠に埋もれてしまい、今はどこにあるか分からない伝説の都市だったのだ。

ジェレディ博士の基地「ブレッドラボ」のメインサーバーが、謎の人物にハッキングされた。モンスーノエナジーをほろぼすことができる「ＭＥシール ド」のデータを誰かが盗みだそうとしているのだ。ジェレディ博士とジョン・エースは、謎のハッカーとサイバー戦をしているが、形勢はかなり不利だった。 チェイスたちはハッキングを直接止めるために、謎の電波の発信源に向かっていた。しかし、メディーアたち「ダークスピン」が、チェイスたちの行く手を阻 む。

「ビッグボード」を完成させるための「モンスーノ周波数」がほぼ集まりつつあった。全てが集まれば、地球を浸食しているモンスーノエナジーを止めら れる。しかし残り時間は少ない状況だ。しかも、ジェレディ博士は行き詰まっていた。新たな周波数がみつからない。博士は研究初期の「オリジナル・コア」に 手がかりをもとめるが、それは警備がとてもきびしいSTORM巨大基地の中に保管されていた。チェイスたちは、「オリジナル・コア」の周波数の奪還作戦を 考える。

強力なモンスーノサイトを持つチェイスとノアが、ふたたび「ファイブアームズ」に狙われた。彼らの強い力は、「ファイブアームズ」にとって必要な存在なの だ。しかし、ふたりは他の「コアテック」メンバーといつも一緒にいる。常に仲間に守られているようなものだった。そこで、「ファイブアームズ」はモンスー ノサイトの力を使い、チームを無理やりに仲たがいさせようとくわだてる。ある日、チェイスとノアが目を覚ますと、ふたり同時に奇妙な光景を見る。

チェイスたちは新開発のバーチャルシミュレーターでバトルトレーニングを行っていた。その仮想空間の中に巨大なバトルアリーナがあり、これまで対戦した敵 のデータを再現し戦うことができる。ジェレディ博士の提案で、チェイスたちはシックスやヒューリーなどのライバルたちとチーム戦に挑戦することになる。し かし、彼らが戦っている最中に、ブレットラボのメインサーバーをハッキングしようとする人物がいた。