あらすじ
　真矢のマークジーベンを戦列に加え、より強固となった竜宮島の防衛システム。とりわけ最前線で楯となり、一騎に勝るとも劣らない活躍を見せているのが、衛のマークフュンフだった。
フェストウム撃退後には銭湯でリラックスする余裕も見せるようになったパイロットたちだが、ミツヒロが残した警告通りフェストゥムの来襲は活発になり、出撃回数は増えてゆく。そして竜宮島を包み込む異変……突然、季節外れの花が咲き乱れ、弓子の胎内には人類30年振りの自然受胎の兆しが表れていた。
近い将来出現が予想される新型種に対抗するため、日野家で強化合宿を張ることになった一騎たち。和んだ雰囲気の中、剣司に告白めいた言葉を告げられ、ときめきを覚える咲良。しかし、皆には隠していたものの、彼女は不意の頭痛にしばしば襲われるようになっていた。

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　若いパイロットたちが犠牲者を出すことなくコアギュラ型を撃退したことは史彦や道生ら、長年フェストゥムと戦ってきた者たちにとって、驚くべきことだった。しかし、戦いの怖ろしさを自覚して、咲良は涙を流し、剣司と衛はそんな彼女を守りたいと切に思う。
一方、総士は乙姫に、コアギュラ型が現れたのは昏睡中だった甲洋が、フェストゥムとして目覚めつつあるためだと教えられる。盆祭りの夜、縁日や灯篭流し、盆踊りで盛り上がる島の人々。
｢生きること、止めたい？　私も何度もそう思ったよ。でも……｣その頃、乙姫はアルヴィスの隔離施設で、生体機能を停止させられようとしていた甲洋を目覚めさせていた。翌日、施設外へ彷徨い出た甲洋をフェストゥムとして処分しようとする大人たちと、友達として彼を守ろうとする子供たちの間で対立が起こる。甲洋を引き渡すまいと、要家の道場に立て篭もる一騎たち。人間とフェストゥムの線引きに、彼らが出した答えとは……

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　また新たに真矢がパイロットとして戦線に加わることになった。真矢を戦わせたくない…という思いから後方支援任務を提案する総士。しかし、狙撃手としての真矢の才能は溝口をも驚嘆させるものだった。
　 その夕、真矢を送って行った一騎は、弓子と道生に捉まり、遠見家の夕飯に招待される。帰宅した千鶴、さらに史彦も加わっての団欒風景。帰り際、弓子と道生の門出を応援しよう、と語る史彦に、千鶴は少し戸惑いつつも、微笑み頷くのだった。
盆祭りが近づき、準備に気もそぞろな竜宮島にソロモンの警報が響く。真矢の初実戦の相手は、人類に対して攻撃を仕掛けず、同化行動のみを行うコアギュラ型フェストゥムだった。同化されぬよう細心の注意を払って戦う一騎たちだが、ついに咲良のマークドライが敵に接触されてしまった。

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　置き去りにされた人類軍の元兵士たちは、竜宮島の一員として暮すことになった。カノンは容子によって羽左間家に、また、日野道生は懐かしい生家に居を構える。そして弓子は、千鶴と大ゲンカをしてまでも道生との生活を選んだ。
そして海水浴、つかの間の安息を楽しむ一騎たち。一方、千鶴は弓子が置き忘れたフォトスタンドから、一枚のデータディスクを拾い上げる。それは、真矢がファフナー搭乗員として高い適正を持つことを、弓子が隠蔽したのを示す動かぬ証拠だった。折りしも、真矢の父・ミツヒロが新国連の使節として来島する。竜宮島と人類軍の無用な衝突を避ける和解の使者というミツヒロ。しかし、彼の裏の目的は新たに建造するファフナーのパイロットとして、真矢を連れ帰ることだった。弓子の隠蔽行為を知ったミツヒロは、史彦に査問会の招集を要請、遠見家３人の退島処分を迫る。

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　帰還した一騎とマークザインによってフェストゥムは撃退され、アルヴィスのコントロールも史彦たちの手に戻った。不器用ながらも一騎に自分の在りのままを伝えようとする総士、島の外で世界の現実を胸に刻んだ真矢、そして残された時間を人間らしく生きることを選んだ乙姫。
一方、カノンたちと潜水艦一隻を殿にして島から撤退を始める新国連軍。しかし、竜宮島を人類にとって危険な存在と判断したバーンズ大佐は、残った潜水艦のフェンリルの時限装置を作動させていた。狩谷に大佐の目論見を教えられた道生は、メガセリオンを駆り島へと急ぐ。その頃、溝口が潜水艦の起爆装置を止めようとしていたが、大佐の命令を死守しようとするカノンのベイバロンによって阻止されてしまう。カノンもろともベイバロンを倒すべきだという総士だが、対話に解決の糸口を見出そうとする一騎。だが、アルヴィスを完全に消滅させんとするバーンズ大佐は、島に向けて戦略核ミサイルまでを放った。

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