闇を貫く謎の弾丸！！
コナンと世良、そしてFBIが挑む!!

完成したばかりの東都ベルツリータワーのオープニン グセレモニーに出席することになったコナン（高山みなみ）と蘭（山崎和佳菜）たち。その当日、展望台で外国人の夫婦に不良不動産物件を売りつけようとして いた不審な男・藤波が狙撃される。超遠距離からの正確な狙撃に「黒ずくめの組織」の関与を疑ったコナンは、狙撃犯を追跡！　絶体絶命のピンチを世良真純 （日高のり子）やFBI捜査官のジョディ（一城みゆ希）たちの助けで乗り越えるが、あと一歩のところで犯人を逃がしてしまう。
狙撃地点に残されて いたサイコロなど数々の状況証拠から、FBIは犯人を元海軍特殊部隊の天才狙撃手・ハンター（中井和哉）だと推測。戦場で民間人を撃ったことを告発され、 過去に受賞した名誉ある勲章をはく奪された挙句、戦場で大怪我、転落人生を歩むことになった男だ。ハンターが次に狙うであろう３人も日本に滞在中であるこ とが判明し、警察とFBIは協力して捜査を開始する。福生でミリタリーショップを経営しているケビン・ヨシノ（福士蒼汰）は、ハンターを告発した狙撃手の ウォルツ（パトリック・ハーラン）がハンターを陥れたのだと主張するが…。
そんな中、ハンターのターゲットの一人・森山の居場所を掴んだ世良とコ ナンは彼の自宅へ。しかし２人の目の前で森山が狙撃される新たな事件が発生、“無差別狙撃事件”という報道により東京中がパニックに。そんな中、さらなる 銃撃事件が発生し、一連の事件への関与が疑われていたハンターが犠牲になり―！？