成長への努力を止めない修、自分の弱点に正面から向き合う千佳、修と千佳を信じる遊真。B級上位戦の敗北を糧に成長を続ける3人の『三雲隊』が再始動する。

そんな中、新たなネイバーによるボーダー本部への侵攻が開始されようとしていた。

遊真、千佳、迅、そして修は未来を切り開くことができるのか！？

B級上位とのランク戦を終え、レベルアップの必要を感じて動き出す三雲隊。雨取千佳は影浦隊の狙撃手・絵馬ユズルから弱点を克服するためのヒントを手に入れる。

一方、修がエネドラッドからヒュースに関する情報を収集する中、遊真を引き抜こうとするA級チームの隊長が現れる。

そんな中、遂に新たな敵が姿を現し始めたのだった。

忍田本部長の口から新たな惑星国家の襲来が明かされた。

迅の予知を中心に太刀川隊・風間隊らボーダートップチームが対応に当たる事となる。

一方、三雲隊のさらなるレベルアップを目指す修は迅に示唆された玉狛第2に加入する可能性のあるもう一人の「適任者」を探していたが、予想外の答えに辿り着くのだった。